-=/NERV\=-

Misato emmène Shinji, Kensuke et Toji à bord d'un porte-avion de la flotte du pacifique, pour rencontrer le nouveau pilote de l'équipe. Il s'agit de Asuka Shoryu Langley, une jeune fille insolente et orgueilleuse. Tout de suite elle traite Shinji avec mépris, et file même un baffe aux trois garçons qui avait vu sa culotte à cause du vent!

Alors que Misato discute avec le commandant de la flotte des procédures en cas d'attaque d'Ange, Ryoji Kaji, ancien petit ami de Misato, fait son entrée en tant qu' escorte d'Asuka. Misato est très troublée par le brusque retour de Kaji dans sa vie. Toutefois, la soi-disant escorte assurée par Kaji n' est qu'une couverture. En effet sa vraie mission, sous les ordres de Gendo, est de transporter un embryon, celui du premier Ange responsable du second impact, Adam. Sa présence sur le bateau entraine l'attaque soudaine d'un Ange, Gagiel.

Kaji s'enfuie alors en avion avec le précieux bagage, laissant Misato et les pilotes se débarrasser de l'Ange. Toutefois, Asuka est sûre d'elle, et elle active l'EVA 02 malgré les contre-ordres du commandant de la flotte. Par la même occasion, elle entraîne Shinji dans son EVA.

Celle-ci n'est pas équipée pour combattre sous l'eau, et Asuka tente de rester hors de l'eau en sautant de bateau en bateau, détruisant par là-même bon nombre de ponts d'envol. Mais l'ange finit par faire basculer l'EVA dans l'eau. Misato élabore un plan audacieux pour battre l'ange, en utilisant la puissance de feu de la flotte. Mais pour que cela fonctionne il faut que l'EVA puisse bouger. Grâce aux volontés simultanées de Asuka et Shinji, l'EVA finit par bouger et l'Ange est vaincu.

Shinji est plus décontracté, et n'hésites pas à faire remarquer à Misato l'état déplorable de son appartement et son comportement imature. Celle-ci pense que c'est une bonne chose que Shinji se sente à l'aise, et qu'il puisse avoir un semblant de vie normale. Parallèlement, une autre organisation que la NERV a créé elle aussi une arme de combat contre les anges, avec l'avantage que le pilote peut diriger la machine à distance, et que celle-ci a des réserves d'énergie inépuisables grâce à un réacteur nucléaire. Ce robot s'appelle le Jet Alone.

Misato et Ritsuko sont invités à la réception de présentation officielle du Jet Alone, et son inventeur n'hésite pas à ironiser sur les performances aléatoires de EVA et leur manque de sécurité autant pour les pilotes que pour la population. Misato est folle de rage mais Ritsuko semble très calme...et sûre d'elle.

La démonstration commence, mais contre toute attente le JA se révèle incontrôlable, et la panique s'installe. Malgré le fait que Ritsuko essaie bizarrement de la retenir, Misato décide de lancer une opération de sauvetage lorsque le JA menace de produire une explosion nucléaire.

Elle envoie L'eva 01 à la poursuite du JA, et demande à Shinji de la déposer sur le robot pour qu'elle puisse rentrer à l'intérieur et le désactiver. Malgré tous ces efforts, le mot de passe que l'inventeur lui a donné semble être érroné. Toutefois, à la dernière seconde, le système est réinitialisé. Misato se rend bien compte que cela est l'oeuvre d'une personne extérieure. Shinji, en voyant l'exploit de Misato change quelque peu d'avis quand à son comportement négligé. Mais le lendemain elle est redevenue la même!!

Shinji n'a heureusement pas été blessé pendant le combat, il se réveille dans une chambre d'hopital. Pendant ce temps l'ange essaie de percer le bouclier souterrain de la NERV en forant le sol. De plus, il élimine tout ennemi tentant de s'approcher. Misato propose un plan: un tir à longue distance à l'aide d'un fusil spécial, le fusil à positrons. Ce fusil permet de concentrer une grande quantité d'énergie en un rayon surpuissant. Cependant, l'énergie nécéssaire pour percer l'AT field de l'ange est considérable. C'est pourquoi Misato décide de réquisitionner l'énergie de tout le japon pour mener à bien l'opération, baptisée "opération Yashima". Toutefois, même avec cela, Shinji n'aura le droit qu'à un tir, puisque le temps de recharge est plutôt long.

Shinji se met en place avec le fusil, alors que Rei assure la couverture à l'aide d'un bouclier spécialement récupéré pour l'opération. Alors que Shinji effectue son premier tir, l'ange le repère et tire en même temps, les rayons se neutralisent et le tir est raté. Shinji s'affolle et doit attendre que le fusil se recharge. Mais l'ange tire une seconde fois! Alors que l'on croyait que le tir avait atteint sa cible, on voit que c'est Rei qui bloque le rayon avec son bouclier, qui commence dejà à fondre. Shinji se presse de viser et de tirer, alors que Rei n'a même plus de bouclier et protège avec son corps. Cette fois, le tir atteint l'ange de plein fouet et celui-ci est détruit.

Shinji sort rapidement de son EVA pour secourir Rei. Il ouvre la plug manuellement et la découvre indemne au milieu de sa plug. Au bord des larmes, il est heureux. Rei ne sait pas comment réagir face à ces sentiments inconnus. Shinji lui dit de simplement sourir, et Rei sourit pour la première fois...

Shinji se rend sur le chantier d'analyses des restes de l'ange, avec Misato. Là-bas il voit son père et remarque d'étranges brûlures sur ses mains.Ritsuko lui explique qu'un test d'activation de l'EVA 00 a été effectué, et que ça s'est mal passé. Rei était en danger et le commandant est venu la secourir en ouvrant le sas bouillant de l'entry-plug à mains nues. C'est de là que datent ses brûlures aux mains (c'est pour cela qu'il porte toujours des gants...). Depuis ce jour, Rei garde en souvenir les lunettes cassées de Gendo.

Plus tard, Shinji surprend Rei et Gendo en train de parler amicalement. Gendo et Rei sont tout souriants! Shinji réalise que Rei est plus importante que lui pour son père.

Peu de temps après, Ritsuko confie à Shinji la nouvelle carte d'accès de Rei et le prie de lui apporter directement chez elle. Shinji est gêné mais il y va. L'appartement de Rei est dans un vieil immeuble miteux. Shinji sonne mais la sonnette ne semble plus fonctionner. Il décide d'entrer. La chambre est vraiment austère, assez sombre, et ... sale. Il voit les lunettes de son père sur une commode et décide de les essayer. C'est à ce moment là que Rei sort de sa douche, avec... juste une serviette. Elle avance vers Shinji pour lui reprendre les lunettes et celui-ci perd complètement les pédales et tombe sur Rei en emportant le tiroir avec tous ses sous-vêtements...(pas doué...) Bref il se retrouve à quatre pattes sur elle avec une main sur son sein. Donc il est vraiment gêné, et essaye de s'expliquer mais Rei part avant qu'il ait fini. Il pense qu'elle va lui en vouloir à mort, mais en fait elle s'en fout. Par contre, elle n'aime pas lorsque Shinji dit que son père est un connard, et elle lui fout une baffe.

C'est alors que se produit l'attaque de l'ange Ramiel, qui se positionne au-dessus du QG de la NERV et commence à forer le sol avec une sorte d'énorme "truc pour forer". Shinji tente une sortie avec son EVA, mais l'ange dispose en fait d'un rayon à particules ultra-puissant, et dégomme Shinji à peine sortit du sol. Celui-ci hurle de douleur alors que le rayon commence à faire fondre toute son armure.

Shinji a remporté le combat contre l'ange mais il n'en retire aucune satisfaction, tout cela n'a aucun sens pour lui qui ne pilote "que parce qu'on l'y a obligé". Il commence encore à se refermer sur lui même et il fugue, il s'enfuit de chez Misato avec juste un sac. Kensuke et Toji se font du souci pour lui, tout comme Misato qui pense qu'il ne reviendra pas.

Shinji reste des heures dans le métro à écouter son walkman sans bouger, et quand la ligne ferme, il se réfugie dans un cinéma pour attendre la fin de la nuit. Le lendemain, il grimpe tout en haut d'une montagne et contemple la ville, à travers les nuages.

Durant sa fugue, Shinji n'a parlé à personne, il vagabondait tout seul. Ce soir là, alors qu'il marche toujours sans but, il rencontre Kensuke par hasard. Ils discutent ensemble toute la soirée, et Kensuke lui explique qu'il est très envieux de Shinji et aimerait bien être à sa place. Cela fait sourire Shinji, lui qui déteste piloter... Soudain, des membres des services de sécurité de la NERV surgissent pour ramener Shinji de gré ou de force. Shinji a alors un entretien avec Misato qui lui dit que si c'est pour réagir comme ça, Shinji devrait mieux partir...

Le lendemain, Shinji est conduit à la gare pour rentrer chez lui. Kensuke et Toji l'attendent pour lui dire au revoir (C'est là que Shinji frappe Toji pour "être quitte").

Au dernier moment Misato arrive pour empêcher Shinji de prendre le train, et le consoler. Finalement, Shinji rentre bien gentiment à la maison (chez Misato).

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